|
|
| Line 18: |
Line 18: |
| | |- | | |- |
| | |'''Active site residues''' | | |'''Active site residues''' |
| − | |This super-family has been shown to use an active site DE or DXE sequence motif ( or exceptionally in the case of GH85 a DXN moitif ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 4,5 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 ). This carboxylate pair promotes a double displacement mechanism in which the nucleophile is not enzyme-derived but is provided by the substrate in an intramolecular “neighboring group” attack of the N-acetyl carbonyl group ADDIN EN.CITE <EndNote><Cite><Author>Vocadlo</Author><Year>2008</Year><RecNum>29</RecNum><record><rec-number>29</rec-number><foreign-keys><key app="EN" db-id="2z92s50whxaxv0exrs55st9catz9vvtpfdf5">29</key></foreign-keys><ref-type name="Journal Article">17</ref-type><contributors><authors><author>David Vocadlo</author><author>Gideon J Davies</author></authors></contributors><titles><title>Mechanistic Insights into Glycosidase Chemistry</title><secondary-title>Curr Opin Chem Biol</secondary-title></titles><pages>539-555 </pages><volume>12</volume><dates><year>2008</year></dates><urls></urls></record></Cite></EndNote>6. Thus catalysis occurs via the formation, and subsequent breakdown of a covalent oxazoline intermediate. | + | |known/not known |
| | |- | | |- |
| | |{{Hl2}} colspan="2" align="center" |'''CAZy DB link''' | | |{{Hl2}} colspan="2" align="center" |'''CAZy DB link''' |
Revision as of 04:38, 16 February 2010
This page is currently under construction. This means that the Responsible Curator has deemed that the page's content is not quite up to CAZypedia's standards for full public consumption. All information should be considered to be under revision and may be subject to major changes.
Substrate specificities
Content is to be added here.
This is an example of how to make references to a journal article [1]. (See the References section below). Multiple references can go in the same place like this [1, 2]. You can even cite books using just the ISBN [3]. References that are not in PubMed can be typed in by hand [4].
Kinetics and Mechanism
Content is to be added here.
Catalytic Residues
Content is to be added here.
Three-dimensional structures
Content is to be added here.
Family Firsts
- First sterochemistry determination
- Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [1].
- First catalytic nucleophile identification
- Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [4].
- First general acid/base residue identification
- Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [2].
- First 3-D structure
- Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [3].
References
- Comfort DA, Bobrov KS, Ivanen DR, Shabalin KA, Harris JM, Kulminskaya AA, Brumer H, and Kelly RM. (2007). Biochemical analysis of Thermotoga maritima GH36 alpha-galactosidase (TmGalA) confirms the mechanistic commonality of clan GH-D glycoside hydrolases. Biochemistry. 2007;46(11):3319-30. DOI:10.1021/bi061521n | PubMed ID:17323919 [Comfort2007]
- He S and Withers SG. (1997). Assignment of sweet almond beta-glucosidase as a family 1 glycosidase and identification of its active site nucleophile. J Biol Chem. 1997;272(40):24864-7. DOI:10.1074/jbc.272.40.24864 | PubMed ID:9312086 [He1999]
- Robert V. Stick and Spencer J. Williams. (2009) Carbohydrates. Elsevier Science. [3]
-
Sinnott, M.L. (1990) Catalytic mechanisms of enzymic glycosyl transfer. Chem. Rev. 90, 1171-1202. DOI: 10.1021/cr00105a006
All Medline abstracts: PubMed
