Glycoside Hydrolase Family 25

This page is currently under construction. This means that the Responsible Curator has deemed that the page's content is not quite up to CAZypedia's standards for full public consumption. All information should be considered to be under revision and may be subject to major changes.

• Author: ^^^Ed Taylor^^^
• Responsible Curator: ^^^Gideon Davies^^^

---

Glycoside Hydrolase Family GHnn
Clan	GH-x
Mechanism	retaining/inverting
Active site residues	This super-family has been shown to use an active site DE or DXE sequence motif ( or exceptionally in the case of GH85 a DXN moitif ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 4,5 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 ). This carboxylate pair promotes a double displacement mechanism in which the nucleophile is not enzyme-derived but is provided by the substrate in an intramolecular “neighboring group” attack of the N-acetyl carbonyl group ADDIN EN.CITE <EndNote>[1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 6, 6, 6, 7, 7, 8, 8, 9, 9, 10, 10, 11, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 13, 14, 15, 16, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 21, 22, 22, 23, 23, 23, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 28, 29, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 40, 41, 42, 42, 43, 44, 44, 45, 45, 46, 46]</EndNote>6. Thus catalysis occurs via the formation, and subsequent breakdown of a covalent oxazoline intermediate.
CAZy DB link
http://www.cazy.org/fam/GHnn.html

Substrate specificities

Content is to be added here.

This is an example of how to make references to a journal article [47]. (See the References section below). Multiple references can go in the same place like this [47, 48]. You can even cite books using just the ISBN [49]. References that are not in PubMed can be typed in by hand [50].

Kinetics and Mechanism

Content is to be added here.

Catalytic Residues

Content is to be added here.

Three-dimensional structures

Content is to be added here.

Family Firsts

First sterochemistry determination

Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [47].

First catalytic nucleophile identification

Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [50].

First general acid/base residue identification

Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [48].

First 3-D structure

Cite some reference here, with a short (1-2 sentence) explanation [49].

References

47. Comfort DA, Bobrov KS, Ivanen DR, Shabalin KA, Harris JM, Kulminskaya AA, Brumer H, and Kelly RM. (2007). Biochemical analysis of Thermotoga maritima GH36 alpha-galactosidase (TmGalA) confirms the mechanistic commonality of clan GH-D glycoside hydrolases. Biochemistry. 2007;46(11):3319-30. DOI:10.1021/bi061521n |
48. He S and Withers SG. (1997). Assignment of sweet almond beta-glucosidase as a family 1 glycosidase and identification of its active site nucleophile. J Biol Chem. 1997;272(40):24864-7. DOI:10.1074/jbc.272.40.24864 |

50. Sinnott, M.L. (1990) Catalytic mechanisms of enzymic glycosyl transfer. Chem. Rev. 90, 1171-1202. DOI: 10.1021/cr00105a006